Trakya'nın ortasında, batıda Meriç ve güneyde Ergene Irmağı, kuzeyde Istranca Dağları'nın etekleri ve doğuda Lüleburgaz-Pınarhisar arasındaki Karaağaç Deresi ile sınırlanmıştır. Ergene Havzası'nın, bitki örtüsü üzerinde çok detaylı araştırmalara ihtiyaç duyulmakla birlikte, Türkiye'de başka bir yerde bulunmayan çok nadir bitkilere ev sahipliği yaptığı bilinmektedir. Havzada küresel, Avrupa ve ülke çapında tehlike altında 7 bitki saptanmıştır. Verimli topraklar üzerinde gelişmiş çalı ve mera toplulukları, bölgedeki yoğun zirai faaliyetler ve endüstriyel kirlilik nedeniyle büyük bir tehdit altındadır.

İstanbul'un en önemli su toplama havzalarından biridir. Ömerli Havzası geniş fundalık, meşe ve karaçam toplulukları ve bunlarla bağlantılı mera, turbalık ve mevsimlik gölcüklerden oluşan çok zengin bir habitat çeşitliliği içerir Doğu Avrupa ve Doğu Akdeniz'in en geniş fundalıklarını barındırması nedeniyle özellikle önemlidir. Zengin bitki örtüsünü oluşturan 500'den fazla bitki arasından yaklaşık 40 tanesi ülke çapında nadirdir. Bunlardan 15'i küresel ve Avrupa çapında tehlike altında bulunmaktadır. Havza, güneydoğusuna inşa edilen Formula 1 tesislerinin bölgedeki yapılaşmayı tetiklemesi, plansız ve kontrolsüz şehirleşme nedeniyle büyük bir tehdit altındadır.

Anadolu'nun kuzeybatısında yer alan en yüksek dağdır. Uludağın bitki örtüsü yaprağını döken ve iğne yapraklı ormanlar, yüksek kesimlerde fundalıklar, mevsime bağlı oluşan gölcükler, zirve kayalık toplulukları ve buzul göllerden oluşur. En az 790 bitkinin kayıtlı olduğu bitki örtüsünde, 30'u yalnız Uludağ'a özgü olmak üzere, yaklaşık 96 tanesi küresel, Avrupa ve ülke çapında tehlike altındadır. lçerdiği nadir bitki çeşitliliği, kendine özgü bitki örtüsü tipleri ve endemik bitkileriyle Uludağ, yalnız Türkiye'nin değil, tüm Avrupa'nın en önemli bitki alanlarından biridir.

Doğu Karadeniz Dağları arasında ilerleyen, Türkiye'nin en büyük ve en az müdahale görmüş akarsularından Çoruh Nehri'nin orta ve aşağı kesimlerini içerir. Nehir vadisinde iklimin oldukça yumuşak olması, yer yer Akdeniz bitki örtüsünün gelişmesine olanak vermiştir. Alçak kesimlerde yaprağını döken karışık orman, dağınık fıstık çamı ve maki, vadi yamaçlarında ise step bitki topluluklan yer alır. ÖBA'nın zengin florası, aralarında en az 104'ü nadir olmak üzere, yaklaşık 750 bitkiden oluşur. Çoruh Vadisi dar yayılışlı endemik bitkiler bakımından Türkiye'nin en zengin alanlarından biridir. Alanda küresel ve Avrupa ölçeğinde tehlike altında en az 67 bitkinin kayıtlı olduğu bilinmektedir.

Fethiye Körfezinin doğusunda, Akdeniz kıyısında yer alır. Baba Dağı bitki örtüsünde, alçak kesimlerde maki ve kızılçam, orta ve yüksek kesimlerde sedir, zirve bölümlerinde ise sarp kayalık, taşlık yamaç toplulukları yer alır. Liman bir iklimin hakim olduğu deniz kenarından yaklaşık 2000 m'ye yükselen dağda en az 50 nadir bitki belirlenmiştir. Bunlardan 40'ı küresel ve Avrupa ölçeğinde tehlike altındadır. Baba Dağı turizm yatırımları ve rekreasyonel etkinlikler nedeniyle büyük bir tehlike ile karşı karşıya bulunmaktadır.

Antalya'nın doğusunda tarihi "Pamphylia Ovası" nın (Antalya Ovası) deniz kıyısındaki kumul ve sulak alan habitatlarını içerir. Alanın zengin bitki örtüsü, birkaç istisna dışında tamamen "Pamphylia Ovası"na özgü bitkilerden oluşur. Lara ve Perakende arasındaki kumullarda yetişen, tehlike altında en az 34 bitki belirlenmiştir. Bunlardan 18'i küresel ve Avrupa ölçeğinde, 16'sı ise ülke çapında nadir bitkilerdir. Antalya şehir merkezine yakınlığı ve Turizm Yatırım Merkezi ilan edilmiş kıyı şeridinde yer alması nedeniyle, Lara-Perakende Kumulları çok hızlı kentleşme ve turizme bağlı olarak aşırı yapılaşma baskısı altındadır.

Kahramanmaraş şehir merkezinin hemen kuzeybatısında 2339 m'ye yükselir. İnsan müdahalesi sonucu büyük ölçüde değişmiş olmakla birlikte, halen zengin meşe, dağlık step, mera ve taşlık bitki toplulukları içerir. Bitki örtüsünde Türkiye'ye özgü 122 bitki kayıtlıdır, bunlardan 5 tanesi bir iki istisna dışında yalnız Ahır Dağı'na özgüdür. Dağda küresel ve Avrupa ölçeğinde tehlike altında bulunan en az 38 bitki yetişmektedir. Kahramanmaraş şehir merkezine yakınlığı ve şehrin dağa doğru hızla genişlemesi nedeniyle, Ahır Dağı nadir bitkileriyle birlikte büyük bir tehdit altındadır.

İç Anadolu'da yaklaşık 4000 m'ye yükselen büyük bir volkanik dağdır. Tarih öncesinde sık ormanlarla kaplı olduğu bilinen Erciyes Dağı'nda, yoğun kesim ve otlatma nedeniyle ormanların yerini dağlık step bitki toplulukları almıştır. İnsan müdahalesi sonucu meydana gelen büyük değişime karşın, dağın doğal bitki örtüsünde yaklaşık 1171 bitki saptanmıştır. Bunlardan 195'i Türkiye'ye ve 11'i yalnız Erciyes Dağı'na özgüdür. 45 bitki ilk kez Erciyes Dağı'nda keşfedilerek bilim dünyasına tanıtılmıştır. Dağda ayrıca küresel, Avrupa ve ülke çapında tehlike altında bulunan 33, yakın gelecekte tehlike altına girebilecek 17 bitkinin yetiştiği de bilinmektedir.

Anadolu'nun kuzeydoğu ucunda yüksek bir platoda uzanan oligotrofik göller arasında en önemlisidir. Çıldır Gölü'nün yanı sıra, Putka (Gölbaşı) Gölü ve Çalı Gölü de içerdiği nadir bitki türleriyle ÖBA sınırları içine alınmıştır. Bu göllerin zengin bitki örtüsünde, Türkiye'de çok lokal olarak görülen en az 10 nadir bitkinin yetiştiği belirlenmiştir. Göller kurutma ve tarım alanlarının genişletilmesi nedeniyle tehdit altında bulunmaktadır.